核攻擊後，輻射落塵會污染每個受爆炸影響的單元格。在受污染單元格上結束回合的所有單位每回合會受到50點傷害。遭到汙染的單元格上無法使用 生產力，例如進行修復建築或區域等行動。城市無法在受污染的單元格上進行任何行動，除非污染物計時器失效，或該單元格被「清理」乾淨。
建造者和軍事工程師單位可「清除」受影響單元格上的核污染。清理被污染的單元格需要花費1個建造次數。能清理受污染格位的建造者和軍事工程師單位在這樣的格位上結束回合時，會受到較少傷害。沒有直接受到核爆炸影響的城市單元格繼續正常運轉，並帶來城市收益。