Шпионы становятся доступны в эпоху Возрождения, когда вы изучите определенные технологии и социальные институты. Подготовить шпионов можно в любом городе, но их нельзя купить ни за золото, ни за веру. Они начинают с ранга «новичок» и могут повышать уровень за счет успешных операций или поимки вражеского шпиона. При достижении 2-го уровня шпионы могут также заработать повышения.
Шпионы перемещаются не так, как другие юниты. Они путешествуют из города в город по воздуху, морю, дорогам или пешком, и у каждого из них на это уходит разное количество времени, но переходить в город союзника они не могут. Появившись в нужном районе, шпионы начнут выполнять задание. Они могут похищать ускорители технологий, вербовать партизан и просто увеличивать дипломатическую видимость. Каждое задание отнимает определенное количество времени и имеет различный исход. Ваши шпионы могут быть убиты или пойманы, они могут не справиться с заданием, но остаться незамеченными, и наконец, они могут успешно выполнить задание, ничем не выдав себя.
Каждая цивилизация может подготовить 5 шпионов. Играя за Екатерину II, можно подготовить 6.