Все клетки, задетые взрывной волной, будут загрязнены радиоактивными осадками. Любые юниты, заканчивающие ход на зараженной клетке, получают 50 урона каждый ход. На загрязненной клетке невозможно производство, ремонт зданий и районов также недоступен. Загрязненные клетки не могут обрабатываться городом, пока клетка не будет очищена или пока не истечет время загрязнения.
Ядерное загрязнение может быть «очищено» строителями и военными инженерами. Для очистки загрязненной клетки требуется 1 строительный «заряд». Строители, военные инженеры и римские легионеры, которые способны очищать загрязненные клетки, получают меньше урона, если заканчивают свой ход в такой клетке. Любые городские клетки, не пострадавшие непосредственно от ядерного взрыва, будут по-прежнему нормально функционировать и давать доход городу.