Le spie diventano disponibili a partire dall'epoca rinascimentale: è possibile ottenerle attraverso alcune tecnologie e Progressi civici. Le spie possono essere addestrate in qualsiasi città, ma non possono essere acquistate in cambio di Oro o Fede. Le spie entrano in gioco col grado di Recluta e "passano di livello" eseguendo con successo operazioni offensive o catturando spie nemiche. A partire dal livello 2 le spie possono anche ottenere promozioni.
Le Spie non si spostano come le altre unità. Piuttosto, saltano da una città all'altra città viaggiando via aria, via acqua, lungo una strada o a piedi (ogni trasferimento ha dei tempi precisi). Una Spia non può spostarsi in una città alleata. Una volta stabilita in una città, una Spia può essere inviata in uno specifico distretto per cominciare una missione. Le missioni includono il furto di impulsi tecnologici, la creazione di unità ribelli o il semplice incremento della Visibilità diplomatica. Ogni missione richiede un certo lasso di tempo e può avere vari esiti. La tua Spia potrebbe essere catturata o uccisa, o potrebbe fallire la missione senza essere individuata, o potrebbe portare a termine la missione con successo senza farsi scoprire.
Ogni civiltà può produrre 5 spie. Gioca con Caterina per acquisire la capacità di produrne 6.