Dopo un attacco nucleare, il fallout radioattivo contamina ogni casella colpita dall'esplosione. Tutte le unità che finiscono il turno in una casella contaminata subiscono 50 danni per turno. La Produzione non può essere applicata a nulla di ciò che è contenuto nelle caselle contaminate: per esempio, è impossibile riparare edifici e distretti. Una casella contaminata non può essere sfruttata finché il timer della contaminazione non si esaurisce o la casella viene "ripulita".
La contaminazione nucleare può essere "ripulita" dalle caselle da unità di Costruttori e Ingegneri militari. Ripulire una casella contaminata costa 1 carica. I Costruttori, gli Ingegneri militari e le Legioni romane che concludono il loro turno all'interno delle caselle contaminate subiranno meno danni se sono in grado di ripulirle. Tutte le caselle non coinvolte direttamente nell'esplosione nucleare continueranno a funzionare normalmente e a contribuire alle entrate della città.