Los Espías estarán disponibles a partir del Renacimiento. Puedes obtenerlos mediante algunas tecnologías y principios. Se pueden crear en cualquier ciudad, pero no se pueden adquirir con Oro o Fe . Los Espías empiezan con nivel de recluta y pueden subir de nivel mediante operaciones ofensivas exitosas o si capturan a un Espía enemigo. A partir del nivel 2, los Espías también pueden conseguir ascensos.
Los Espías no se mueven como otras unidades. Saltan de ciudad en ciudad viajando por aire, mar, carretera o a pie (el tiempo de desplazamiento varía en cada caso), pero no pueden ir a la ciudad de un aliado. Una vez instalado en una ciudad, se puede enviar a un distrito en particular para iniciar su misión. Las misiones incluyen robar mejoras de tecnología, crear unidades rebeldes o, simplemente, aumentar la visibilidad diplomática. Cada misión lleva un tiempo y puede tener resultados diversos. El Espía puede morir o ser capturado, puede fracasar sin ser detectado o también tener éxito.
Cada civilización puede crear a 5 Espías. Lleva a Catalina para ganar la capacidad de crear a 6.