Después de un ataque nuclear, la lluvia radiactiva contaminará todas las casillas afectadas por la explosión. Las unidades situadas en una casilla contaminada al final de un turno sufrirán 50 de daño por turno. No se puede aplicar Producción a nada que esté en una casilla contaminada, así que no se podrán reparar edificios ni distritos. La ciudad no podrá trabajar en las casillas contaminadas hasta que la contaminación desaparezca o hasta que se "limpien".
Las casillas contaminadas pueden "limpiarse" con unidades de Constructores e Ingenieros militares. Limpiar una casilla contaminada consume 1 carga de construcción. Los Constructores, Ingenieros militares y Legiones romanas capaces de limpiar casillas contaminadas sufrirán menos daño si terminan su turno en ellas. Las casillas no afectadas directamente por la explosión nuclear seguirán funcionando normalmente y contribuirán al rendimiento de la ciudad.