Od epoki renesansu dostępni stają się szpiedzy. Możesz otrzymywać ich dzięki określonym technologiom i ideom, a szkolić w dowolnym mieście. Nie można ich kupić za złoto czy wiarę. Każdy z nich ma na początku poziom rekruta i może awansować na kolejne dzięki udanym operacjom lub chwytając szpiegów wroga. Po osiągnięciu 2 poziomu szpiedzy mogą też otrzymywać awanse.
Szpiegami nie poruszasz się tak, jak innymi jednostkami. Przenoszą się oni z miasta do miasta drogą powietrzną, morską, pojazdem lub pieszo – każda z tych metod zajmuje różną ilość czasu. Miasta należące do sojuszników są dla nich niedostępne. Gdy szpieg rozgości się już w mieście, może zostać wysłany do konkretnej dzielnicy, by tam rozpoczął swoją misję. Może nią być wykradanie przyspieszeń technologii, tworzenie buntowniczych jednostek lub po prostu zwiększenie widoczności dyplomatycznej. Każda misja zajmuje określony czas i będzie miała inny wynik. Twój szpieg może zostać zabity lub schwytany albo niewykryty mimo niepowodzenia misji. Może też pozostać w ukryciu przy jednoczesnym powodzeniu misji.
Każda cywilizacja może posiadać 5 szpiegów. Grając Katarzyną, uzyskasz możliwość zatrudnienia 6 szpiegów.